Cơ cấu bộ máy hoạt động và quản lý của Trường Cao đẳng y dược Hợp Lực được khái quát bằng sơ đồ sau đây:

Đào tạo y khoa phải gắn liền với bệnh viện là mô hình được Bộ Y tế khuyến khích trong công tác đào tạo của các trường Y Dược nhằm giúp sinh viên của mình sau khi ra trường đạt được mục tiêu: sâu Y lý – giỏi Y thuật – giàu Y đức bởi vì “Nếu chỉ có giảng đường và phòng thí nghiệm, mà không có bệnh viện, thì chỉ đào tạo ra người quan sát y khoa, chứ không thể đào tạo được thầy thuốc” Y dược là ngành đào tạo đặc thù do đó cần có phương thức đào tạo đặc thù để trang bị kiến thức chuyên môn thực tế, kỹ năng làm việc chuyên nghiệp và thái độ ứng xử chuẩn mực cho sinh viên sau khi tốt nghiệp. Mô hình Bệnh viện – Trường học là gì? Lịch sử tất cả trường đào tạo Y khoa ở mọi đất nước đều được xây dựng trên nền tảng bệnh viện, mà phải là bệnh viện đa chuyên khoa, có tầm kiểm soát bệnh tật rộng lớn. Bệnh viện phải đủ chuyên khoa chuyên sâu như nội khoa, ngoại khoa, sản khoa, nhi khoa là bốn khoa chính, các chuyên khoa mắt, tai mũi họng, răng hàm mặt, lao, da liễu, đông y, các khoa chẩn đoán hình ảnh, khoa xét nghiệm, khoa vi sinh y học, truyền nhiễm, khoa tạo hình… Trong 4 khoa chính lại có các chuyên khoa sâu hơn, như nội khoa có nội tim mạch, nội hô hấp, nội tiêu hóa, nội thần kinh, nội lây, nội nội tiết… Khoa ngoại cũng phải có ngoại chấn thương, ngoại thần kinh, ngoại cột sống, ngoại tiêu hóa, ngoại tiết niệu, ngoại nhi, ngoại tim mạch, ngoại hô hấp… Bệnh viện phải có trước trường Y. Thật vậy ở nước ta, trước khi có Đại học Y Hà Nội, đã có nhà thương Bạch Mai (Bệnh viện Bạch Mai), nhà thương Phủ Doãn (Bệnh viện Việt Đức), nhà thương Đồn Thủy (Bệnh viện Hữu Nghị), sau đó mới mở Đại học Y Dược. Nếu chỉ có giảng đường và phòng thí nghiệm mà không có bệnh viện thì chỉ đào tạo ra người quan sát y khoa, chứ không thể đào tạo được thầy thuốc. Chỉ có trong môi trường bệnh viện mới thực hiện đào tạo Y khoa cho các sinh viên được. Hoạt động hàng ngày của bệnh viện tự thân nó đã có ý nghĩa đào tạo cho những ai muốn học. Quá trình các sinh viên đến bệnh viện được chứng kiến bệnh nhân đến khám bệnh, nằm điều trị, cấp cứu, bệnh nhân phải mổ, bệnh nhân nặng quá dẫn đến tử vong ngoài tầm giúp đỡ của y khoa, hoạt động hội chẩn, trao đổi kinh nghiệm, nhất là hoạt động phẫu tích xác chết, tìm nguyên nhân chết, tìm tổn thương những bệnh mà trước đó không chẩn đoán được. Ngoài ra, còn có những hoạt động pháp lý trong y khoa, tôn trọng quyền bệnh nhân, giải thích cho bệnh nhân trước khi quyết định các phẫu thuật, thủ thuật. Nếu không có bệnh viện, thì sẽ không thực hiện được những điều trên. Mô hình Bệnh viện – Trường học hay mô hình Doanh nghiệp – Trường học là mô hình đào tạo ngành Y Dược tiên tiến bậc nhất hiện nay được nhiều nước trên thế giới áp dụng. Đặc trưng của mô hình này là tạo được mối liên kết và trải nghiệm thực tế cho sinh viên giải quyết vấn đề một cách tư duy thực tiễn. Hiện nay các trường áp dụng mô hình này không nhiều, điển hình nhất trong mô hình đào tạo này có Trường Cao đẳng Y Dược Hợp Lực – Bệnh viện đa khoa Hợp Lực nhằm đem đến cho sinh viên có kiến thức chuyên môn sâu rộng về ngành học, có kỹ năng nghề thành thạo, có thái độ linh hoạt chuẩn mực để ra trường có việc làm và làm được việc. Do đó hằng năm sinh viên các ngành Cao đẳng Điều dưỡng, Cao đẳn Dược của Nhà trường luôn nhận được sự quan tâm rất lớn của các đơn vị tuyển dụng. Lợi ích của mô hình đào tạo Bệnh viện – Trường học đối với sinh viên Trường Cao đẳng Y dược Hợp Lực với 2 bệnh viện thực hành là Bệnh viện đa khoa Hợp Lực và Bệnh viện đa khoa Quốc tế Hợp Lực đã mang lại những hiệu quả rất tích cực cho sinh viên. Chương trình đào tạo theo mô hình Bệnh viện – Trường học sẽ sử dụng giáo trình mới nhất, cập nhật những tiến bộ khoa học mới nhất về ngành Y khoa, phương pháp giảng lấy sinh viên làm trung tâm để phát huy tối đa tính sáng tạo. Sau khi sinh viên hoàn thành các môn cơ sở trong năm học đầu tiên song song với chương trình học lý thuyết trên lớp, sinh viên của Trường Cao đẳng Y Dược Hợp Lực sẽ tham gia học lâm sàng và thực hành tại các Bệnh viện thực hành của  Nhà trường dưới sự hướng dẫn của các bác sỹ giỏi chuyên môn, giàu Y đức, tận tâm với nghề y, nghề giáo. Cùng với đó, cán bộ, giảng viên các môn chuyên ngành của nhà trường cũng được phân công về các khoa của bệnh viện để quản lý, hỗ trợ sinh viên học lâm sàng. Sự kết hợp chặt chẽ này đem lại hiệu quả cho cả nhà trường và bệnh viện. Nhà trường xây dựng kế hoạch thực tập lâm sàng đợt 1, đợt 2, kế hoạch thực tập tốt nghiệp, gửi đến bệnh viện, liên hệ với các khoa lâm sàng trước mỗi đợt có sinh viên đến thực tập nên khi sinh viên đến thực tập rất thuận lợi. Khi được tiếp xúc với bệnh nhân, làm việc thực tế trên bệnh nhân có sự chỉ bảo, hướng dẫn tận tình của thầy cô nên kiến thức được củng cố hơn rất nhiều. Cùng với đó, mối liên kết chặt chẽ giữa nhiều Bệnh viện, cơ sở Y tế, Doanh nghiệp sản xuất kinh doanh Dược phẩm trong cả nước được mở rộng, khi tốt nghiệp sinh viên sẽ tiếp cận được những cơ hội việc làm đúng chuyên môn đã được đào tạo. Các chuyên gia cho biết hiện nay nhân lực ngành y tế đào tạo ở các trường theo mô hình truyền thống chưa đáp ứng được yêu cầu chất lượng đối với các bệnh viện, doanh nghiệp trong nước và quốc tế, vì vậy  “Đào tạo nhân lực ngành Y tế phải gắn liền với Bệnh viện và hội nhập quốc tế” và mô hình Viện – Trường là giải pháp tiên phong để giải quyết được vấn đề trên, cũng như chuẩn hoá cán bộ y tế có trình độ Cao đẳng đến năm 2021 của Bộ Y tế và Bộ Nội nhằm vụ nâng cao chất lượng chăm sóc sức khoẻ toàn dân.